ในวันที่ 8 พฤษภาคม พ.ศ. 2328 เจ้าหญิงการ์โลตา โฆอากินาอภิเษกสมรสอย่างเป็นทางการกับเจ้าชายโจอาวแห่งโปรตุเกส (อนาคตคือ พระเจ้าโจเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกส,บราซิลและอัลการ์วึ) พระราชโอรสพระองค์ที่สองในสมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่ 1 แห่งโปรตุเกสกับอดีตพระเจ้าเปดรูที่ 3 แห่งโปรตุเกส

เจ้าหญิงทรงได้รับพระราชทานพระราชวังวิลลา วิโคซาในช่วงต้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2328 และในวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2328 ทั้งสองพระองค์ทรงได้รับศีลสมรสที่ห้องสวดมนต์ของพระราชวัง ในเวลาเดียวกัน เจ้าหญิงมาเรียนา วิกตอเรียแห่งโปรตุเกสพระขนิษฐาของเจ้าชายโจอาวทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าชายกาเบรียลแห่งสเปน ราชนิกุลในพระราชวงศ์สเปน ความพยายามที่จะให้สมนับกันระหว่างเจ้าชายโจอาวและเจ้าหญิงมาเรียนา วิกตอเรียซึ่งในเวลานั้นเจ้าหญิงทรงผิดนัดหนักขึ้น เจ้าชายโจอาวทรงเปรียบเทียบพระขนิษฐากับพระมเหสี พระองค์ทรงเขียนว่า "เจ้าหญิงทรงฉลาดมากและมีความยุติธรรมมาก ในขณะที่เธอมีเพียงน้อยนิด และพี่ชอบเธอมาก แต่พี่ไม่สามารถรักหล่อนได้อย่างเท่าเทียม" พระมเหสีของเจ้าชายทรงว่านอนสอนง่ายซึ่งทำให้พระนางทรงได้รับการก้าวก่ายจากสมเด็จพระราชินีนาถมาเรียหลายครั้ง นอกจากนี้ความแตกต่างกันระหว่างพระชนมายุ(เจ้าชายโจอาวมีพระชนมายุ 18 พรรษา)ทำให้เจ้าชายทรงรู้สึกอึดอัดและวิตกกังวล เนื่องจากเจ้าหญิงคาร์ลอตายังทรงพระเยาว์มากทำให้การอภิเษกสมรสยังไม่สมบูรณ์และเจ้าชายโจอาวทรงเขียนว่า "นี่คือการมาถึงของเวลาเมื่อข้าเล่นกับเจ้าหญิงตลอด ด้วยวิธีการเหล่านี้ ข้าคิดว่าอีก 6 ปีต่อจากนี้ คงจะดีถ้าเธอเติบโตขึ้นกว่าในตอนที่เธอมาถึง" การอภิเษกสมรสยังไม่เสร็จสมบูรณ์จนกระทั่งวันที่ 9 มกราคม พ.ศ. 2333

ในปีพ.ศ. 2331 เมื่อพระเชษฐาองค์โตในเจ้าชายโจอาวคือ เจ้าชายโจเซแห่งบราซิลสิ้นพระชนม์ ทำให้เจ้าชายโจอาวกลายเป็นรัชทายาทสืบราชสันตติวงศ์อันดับหนึ่งในราชบัลลังก์ของพระราชมารดา จากนั้นทรงได้รับพระอิศริยยศ เจ้าชายแห่งบราซิล และ ดยุคแห่งบรากังซาองค์ที่ 15[1] ในระหว่างพ.ศ. 2331 ถึงพ.ศ. 2359 เจ้าหญิงการ์โลตา โฆอากินาทรงเป็นที่รู้จักกันในนาม เจ้าหญิงแห่งบราซิล เจ้าชายโจอาว พระสวามีทรงเป็นบุคคลที่มีพระเมตตา, เกียจคร้านและเข้ากันไม่ได้กับพระนาง แต่อย่างไรก็ตามทั้งสองพระองค์มีทายาทร่วมกัน 9 พระองค์ เพราะว่าทั้งคู่ทรงพระสิริโฉม มีการเล่าลือว่าโดยเฉพาะพระราชโอรสองค์สุดท้องมีรูปลักษณ์ที่แตกต่างจากพระราชบิดา หลังจากมีพระประสูติกาลพระโอรสธิดา 9 พระองค์ทั้งสองพระองค์ทรงเริ่มประทับแยกกัน โดยพระสวามีประทับที่พระราชวังหลวงมาฟราและพระมเหสีประทับที่พระราชวังหลวงเกวลูซหรือพระราชวังรามัลเฮา มีการเล่าลือกันว่าพระนางทรงหลบหนีออกมาเพื่อสามารถสนุกสนานกับงานเลี้ยงที่มีการร่วมประเวณีอย่างสับสนปนเป

ในเวลานั้น การปฏิวัติฝรั่งเศสที่สับสนได้สร้างกระแสแห่งความหวาดกลัวแก่หลายๆพระราชวงศ์ในยุโรป การสั่งปลงพระชนม์พระเจ้าหลุยส์ที่ 16 แห่งฝรั่งเศสอย่างโหดเหี้ยมในวันที่ 21 มกราคม พ.ศ. 2336 โดยคณะปฏิวัติได้ทำให้เกิดการตอบสนองต่อนานาประเทศอย่างรวดเร็ว ในวันที่ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2336 โปรตุเกสลงนามสนธิสัญญาสันติภาพกับสเปน และในวันที่ 26 กันยายนดำเนินเป็นพันธมิตรกับบริเตนใหญ่ สนธิสัญญาทั้งสองได้มีพันธะช่วยเหลือซึ่งกันและกันเพื่อต่อต้านคณะปฏิวัติฝรั่งเศสและตามมาด้วยการนำทหารโปรตุเกส 6,000 นายเข้าสู่สงครามแห่งพีเรนิส(พ.ศ. 2336 - พ.ศ. 2338) สงครามซึ่งเริ่มต้นด้วยการเข้าโจมตีแคว้นรูสซิลองของฝรั่งเศสและจบลงด้วยความปราชัยโดยกองทัพปฏิวัติฝรั่งเศสสามารถรุกล้ำสู่สเปนทางตะวันออกเฉียงเหนือได้ จากเหตุนี้ได้สร้างปัญหาที่ละเอียดอ่อนทางการทูตขณะที่โปรตุเกสไม่สามารถทำสนธิสัญญาสันติภาพกับฝรั่งเศสได้โดยไม่กระทบต่อความสัมพันธ์กับอังกฤษหรือบริเตนใหญ่ที่ซึ่งเป็นที่ซับซ้อนต่อความสนใจจากนานาประเทศ และดังนั้นจึงต้องแสวงหาความเป็นกลางที่ซึ่งเปราะบางและตึงเครียด[2][3]

หลังจากพ่ายแพ้สงคราม สเปนได้ยกเลิกการเป็นพันธมิตรกับโปรตุเกสและเป็นสร้างสัมพันธไมตรีกับฝรั่งเศสภายใต้สนธิสัญญาบาเซิล ด้วยอังกฤษมีแสนยานุภาพเกินกว่าฝรั่งเศสจะโจมตีโดยตรงได้ ฝรั่งเศสวางแผนที่จะจัดการกับโปรตุเกสซึ่งเป็นพันธมิตรกับอังกฤษ[4] ในปีพ.ศ. 2342 เจ้าชายโจอาวทรงปกครองรัฐบาลอย่างเป็นทางการในฐานะเจ้าชายผู้สำเร็จราชการในพระนามของพระราชมารดา[5]ที่ซึ่งในปีเดียวกันนายพลนโปเลียน โบนาปาร์ตได้กระทำการรัฐประหารเดือนบูร์แมร์ในฝรั่งเศสและคาดคั้นให้สเปนยื่นคำขาดแก่โปรตุเกสยกเลิกการเป็นพันธมิตรกับอังกฤษและส่งมอบประเทศเพื่อประโยชน์แก่นโปเลียน โดยเจ้าชายโจอาวทรงปฏิเสธความเป็นกลางของประเทศจึงสิ้นสุด กองทัพสเปนและฝรั่งเศสจึงโจมตีโปรตุเกสในปีพ.ศ. 2344 เกิดเป็นสงครามแห่งออเรนจ์(War of the Oranges) ความพ่ายแพ้ของโปรตุเกสทำให้ต้องทำสนธิสัญญาบาดาจอสและตามมาด้วยสนธิสัญญามาดริด โดยสเปนได้ผนวกโอลิเวนซาเป็นส่วนหนึ่งของสเปนและให้สัมปทานแก่ฝรั่งเศสเหนือดินแดนอาณานิคมของโปรตุเกส[6][7] ด้วยความสนใจในความขัดแย้งระหว่างประเทศทั้งหมดสงครามได้ถูกกำหนดด้วยการเคลื่อนไหวอย่างคลุมเคลือและข้อตกลงลับ โปรตุเกสเป็นฝ่ายที่อ่อนแอที่สุดไม่สามารถหลีกเลี่ยงการต่อสู้อันต่อเนื่องนี้ได้.[4] ในเวลาเดียวกันเจ้าชายโจอาว พระสวามีทรงต้องเผชิญหน้ากับศัตรูในประเทศของพระองค์เอง เจ้าหญิงการ์โลตา โฆอากินา ซึ่งทรงมีความจงรักภักดีต่อสเปนบ้านเกิดของพระนางอย่างมาก เริ่มต้นด้วยความประหลาดใจซึ่งวัตถุประสงค์ของพระนางคือการพยายามถอดถอนพระสวามีและยึดพระราชอำนาจมาไว้ในพระหัตถ์ของพระนางเอง แต่แผนการของพระนางกลับล้มเหลวในปีพ.ศ. 2348 ซึ่งเป็นผลมาจากการที่สมเด็จพระราชินีนาถเสด็จออกจากราชสำนักไปประทับที่พระราชวังหลวงเกลุชในขณะที่เจ้าชายผู้สำเร็จราชการเสด็จออกไปประทับที่พระราชวังหลวงมาฟรา[8][9]

เจ้าชายผู้สำเร็จราชการทรงมีบทบาทอย่างเต็มที่ในเวลานี้ พระองค์ทรงหลอกฝรั่งเศสตลอดจนกระทั่งครั้งสุดท้ายทรงยอมจำนนแก่ฝรั่งเศส ไปที่ประเด็นของการแนะนำจากพระเจ้าจอร์จที่ 3 แห่งสหราชอาณาจักร ซึ่งเป็นการประกาศสงครามสมมติระหว่างประเทศของตน แต่เจ้าชายผู้สำเร็จราชการกลับไม่ทรงกระทำตามแผนการของจักรพรรดินโปเลียนในระบบภาคพื้นทวีป(การสกัดกั้นอังกฤษ) การบุกเข้าโจมตีของกองทัพฝรั่งเศสนำโดย นายพลฌอง-อันดอเช ชูโนต์ต้องเผชิญกับความยากลำบาก ได้มาถึงหน้าประตูเมืองลิสบอนในวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2350 พระราชวงศ์ได้ลี้ภัยออกจากโปรตุเกสไปยังบราซิลอันเนื่องมาจากการโจมตี กองเรือรบต้องเผชิญพายุถึงสองครั้งและกองเรือกระจัดกระจายบริเวณมาเดรา ในช่วงกลางของการเดินทางเจ้าชายโจอาวทรงเปลี่ยนพระทัยและตัดสินพระทัยเดินทางสู่ซัลวาดอร์,รัฐบาเยีย คงด้วยเหตุผลทางการเมือง โปรดให้ราษฎรท้องถิ่นของเมืองหลวงอาณานิคมแห่งแรกที่ซึ่งแสดงความไม่พอใจที่เสียสถานะเดิม ในขณะที่เรือพระที่นั่งที่มีเหล่าเจ้าหญิงประทับอยู่เดินทางตามเส้นทางเดิมสู่รีโอเดจาเนโร[10][11]